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O avanço da pesquisa de saúde através de supercomputador

O avanço da pesquisa de saúde através de supercomputador mais rápido do Canadá

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A Universidade de Li Ka Shing Instituto de Alberta of Virology (LKSIOV) e do Smart Platform Computing Inovação sul de Ontário (SOSCIP) têm o prazer de anunciar sua parceria para apoiar a investigação avançada usando computação de alto desempenho.

 

Lançado em 2012, SOSCIP é um consórcio de pesquisa colaborativa baseada em Ontário, com instituições acadêmicas 15 membros, Centros de Ontário de excelência e IBM Canada Ltd. como o parceiro industrial chumbo. SOSCIP reúne a indústria e pesquisadores acadêmicos para apoiar projectos de investigação em colaboração em grandes análise de dados e computação de alto desempenho.

Em 2012, SOSCIP instalou um IBM Blue Gene / Q supercomputador state-of-the-art, que estreou como o computador 65º mais rápido do mundo na época. No início de 2015, o grupo expandiu seu sistema de cremalheira 2.5 original por adição de um outro rack completo. Ao mesmo tempo, os pesquisadores LKSIOV estavam interessados em adquirir uma pequena Gene sistema Blue / Q própria. Ao invés de construir um centro de dados em separado computação de alto desempenho, LKSIOV e SOSCIP decidiu fazer parceria juntos para construir um grande sistema Blue Gene / Q para compartilhar. Hoje, a SOSCIP-LKSIOV Blue Gene / Q continua a ser o supercomputador mais rápido no Canadá, com um sistema de 4-rack completo, 65.536 núcleos e capaz de 840 Tflops de desempenho teórico máximo. Para efeito de comparação, os mais novos smartphones de hoje têm 8 núcleos.

O acesso ao supercomputador tem possibilitado a LKSIOV para criar um programa de descoberta de drogas computacional bem sucedido, um campo pioneiro pelo professor Jack Tuszynski, da Universidade da Faculdade de Medicina e Odontologia de Alberta ao longo da última década. Uma das tecnologias resultantes é um software que permite aos pesquisadores rastrear produtos químicos candidatos através de simulação em computador, a fim de descartar aqueles previstos para bloquear o canal de potássio cardíaco hERG. O bloqueio desta molécula pode resultar em efeitos cardiotóxicos-um problema comum para medicamentos que requerem a aprovação regulamentar.

Além disso, a previsão de proteína - proteína interações através de uma abordagem "supercomputational", também permitiu a LKSIOV (ao lado da Fundação do Câncer de Alberta com o Dr. Khaled Barakat como o investigador principal) para descobrir pequenas moléculas inibidoras de postos de controle do sistema imunológico para o tratamento de cancros. moléculas checkpoint imunes desempenham um papel chave no amortecimento o sistema imunitário dos doentes com cancro e impedindo o apuramento das células tumorais. A modelação computacional destas proteínas está a ser utilizado para desenvolver moléculas pequenas que as inibem, com a intenção de reactivação do sistema imunitário para tratar o cancro.

"Nosso instituto tem investido na aplicação da ciência 'supercomputational' para a ciência médica, porque acreditamos que este é o futuro da descoberta e desenvolvimento de drogas", disse o Dr. Michael Houghton, diretor da Li Ka Shing Aplicada Virologia Instituto. "Acreditamos que SOSCIP é um parceiro ideal para este esforço, e estamos muito satisfeitos em trabalhar juntos."

SOSCIP também vê grandes benefícios em trabalhar com um instituto de pesquisa de classe mundial, como a Universidade de Li Ka Shing Instituto de Virologia de Alberta. "Esta parceria é um excelente exemplo de todo o ser maior do que a soma de suas partes, trabalhando juntos, podemos oferecer maior acesso dos investigadores a mais poderosas tecnologias de computação de alto desempenho do Canadá e experiência", disse o Dr. Elissa Strome, diretor executivo de SOSCIP.

IBM tem desempenhado um papel crítico como o parceiro industrial principal do SOSCIP, proporcionando extensa Blue Gene / Q perícia técnica e investigação e facilitar a parceria SOSCIP-LKSIOV identificando a oportunidade para os dois grupos para trabalhar em conjunto.

"A IBM está muito orgulhosa de ter desempenhado um papel em trazer esses dois grupos juntos, para construir uma plataforma Blue Gene / Q que irá ajudar os pesquisadores em diferentes regiões do Canadá inovação unidade usando computação de alto desempenho", disse Allen Lalonde, executivo sênior, IBM Canada Centro de Pesquisa e Desenvolvimento.

 

 

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